ファルマデザインと産総研、高精度のタンパク質ｄｉｓｏｒｄｅｒ領域予測法を開発
高精度のタンパク質ｄｉｓｏｒｄｅｒ領域予測法を開発
株式会社ファルマデザイン【代表取締役社長 古谷 利夫】は、独立行政法人 産業技術総合研究所【理事長 吉川 弘之】（以下「産総研」という）生命情報科学研究センター【センター長 秋山 泰】タンパク質機能チーム 野口 保研究チーム長らと共同で、従来の予測精度を超えるタンパク質ｄｉｓｏｒｄｅｒ領域（ある特定の立体構造をとらない領域）の予測法の開発に成功いたしました。これにより、Ｘ線結晶解析やＮＭＲなどによるタンパク質の立体構造解析をはじめ、様々な実験の効率化が可能になります。
タンパク質は立体構造を形成し、その立体構造の特徴により、他の分子と相互作用することによって、機能を発揮すると考えられています。そのため、多くの時間と労力を費やして、タンパク質の立体構造を解析していますが、その数は現在約３万で、タンパク質のコード領域の配列データに比べて１／１０以下でしかない状況です。
しかしながら、従来から知られていた、ある特定の立体構造を形成しない領域（ｄｉｓｏｒｄｅｒ領域： ｎａｔｉｖｅｌｙ ｕｎｆｏｌｄｅｄとも呼ばれる）の中に、近年、機能発現に関与する領域があることが実験的に明らかになり、このような領域は高等生物に特に多く見られる傾向があることがわかってきました。それらは、転写調節に関するタンパク質やＤＮＡ結合タンパク質に多く存在することが示唆されています。このように、ｄｉｓｏｒｄｅｒ領域と機能の関係を明らかにすることが、タンパク質の機能理解する上で重要になってきています。
また、ｄｉｓｏｒｄｅｒ領域は、Ｘ線結晶解析やＮＭＲによるタンパク質立体構造解析において、結晶化やスペクトルの帰属の妨げになるため、予め取り除いておくことにより、解析を容易にすることができることもあり、ｄｉｓｏｒｄｅｒ領域予測法の開発も近年活発になっています。
このように、ｄｉｓｏｒｄｅｒ領域予測は、タンパク質の構造・機能解析を行う上で重要性を増しており、その精度を上げることによって、本分野の研究の効率を上げることが可能になります。
株式会社ファルマデザインでは、現在開発中の創薬支援用のペプチドライブラリの新しいバージョン（本年１２月上市予定）に、このｄｉｓｏｒｄｅｒ領域予測の利用を予定しています。
本予測法は、ＰＯＯＤＬＥ（Ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ Ｏｆ Ｏｒｄｅｒ ａｎｄ Ｄｉｓｏｒｄｅｒ ｂｙ ｍａｃｈｉｎｅ ＬＥａｒｎｉｎｇ）と命名し、８月１０日より生命情報科学研究センターのＷＥＢ上（ http://mbs.cbrc.jp/poodle ）で無償公開する予定です。また、今秋には、株式会社ファルマデザインよりインハウス版の販売（価格未定）と、ＰＯＯＤＬＥとその他のプログラムを活用したより精度の高いｄｉｓｏｒｄｅｒ予測の研究受託を予定しています。